A principal diferença entre os certificados A1 e A3 é a geração e o armazenamento das chaves criptográficas (arquivo digital, token ou cartão).
 

Modelo A1

É o arquivo digital gerado e armazenado no próprio computador pessoal do usuário, com validade de 1 ano.
 

Modelo A3
Disponível em token ou cartão, pode ser utilizado em qualquer computador, com validade de 1 a 3 anos. Alguns serviços que precisam do modelo de Certificado do tipo A3: 

• SPED Contábil (Escrituração Contábil Digital); 
• DOI (Declaração Sobre Operações Imobiliárias); 
• e-CNHsp e e-CRVsp, ambos somente para o Estado de São Paulo; 
• Siscomex (Sistema Integrado de Comércio Exterior)

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